A partir de 1609, como dijimos, la Compañía erigió establecimientos de enseñanza en ciudades como La Rioja, Catamarca, Mendoza, Salta, Tucumán, Santiago del Estero, Corrientes, Santa Fe, Córdoba y Buenos Aires. Fueron gratuitos, pese a que no recibían aportes económicos de la corona, y se sostuvieron debido a la buena administración de las estancias jesuitas. Las instituciones jesuíticas no fueron las únicas escuelas de primeras letras o de segunda enseñanza; existían otras, dependientes de la corona o de otras órdenes religiosas como los dominicos o los franciscanos. Pero los establecimientos jesuitas gozaron del reconocimiento general de la comunidad colonial.

Cuando los colegios de educación media se desarrollaban y crecían aspiraban a convertirse en universidades, por ello, anexos a los colegios de segunda enseñanza se constituyeron las primeras cátedras universitarias, como fue el caso de los Colegios Máximos de Córdoba, Chuquisaca y Buenos Aires.

En la ciudad de Córdoba del Tucumán, el Colegio Máximo, fundado por los jesuitas en 1610, fue elevado a la categoría de Universidad en 1622, bajo el reinado de Felipe III y el papado de Gregorio XV. Al año siguiente se fundó la Universidad de Charcas o Chuquisaca (La Plata o Sucre) en territorio Altoperuano, y más tarde, en 1731, los jesuitas establecieron, en el Colegio San Ignacio de Buenos Aires, las primeras cátedras universitarias.

Los comienzos fueron complejos para la Universidad. Hay que situarse en la época y en la región del continente, para comprender que no fue sencillo darle jerarquía académica a esa incipiente Casa de Estudios Superiores. El número de estudiantes al principio fue reducido, pero el nombramiento de profesores idóneos y la redacción de una Constitución a la altura de los documentos de otras universidades más afamadas produjeron cambios sustanciales. A partir de la segunda mitad del siglo xvii, el progreso fue notable: la plantilla de profesores se destacó por su excelencia académica, el número de alumnos se mantuvo en aumento, y la graduación no se otorgó sin un riguroso examen destinado solo a los alumnos muy bien preparados y de comprobada capacidad.