El comienzo del siglo xviii no fue alentador, ya que en la primera década la Universidad atravesó una etapa crítica, tanto por su calidad académica como por la disminución del número de estudiantes, y por la preparación de los profesores, más preocupados por la vida apostólica que por el magisterio. Además, los jesuitas debieron hacer frente a la oposición del obispo Mercadillo y su intención de quitarles el privilegio de otorgar grados académicos, para trasladarlo a los padres dominicos. Si bien el fallecimiento del prelado, ocurrido en 1705, dejó a salvo las prerrogativas académicas de la Compañía, las enérgicas quejas y duras recomendaciones del Padre General se hicieron escuchar desde Roma, a través del P. Provincial, que exigía la toma de urgentes medidas y mayor rigurosidad en los exámenes. Los jesuitas muestran una clara preocupación por la calidad de su enseñanza, que superarán gracias a exigencias y rigurosidad para docentes y alumnos.

Los años subsiguientes mostraron una reacción impresionante en toda la Provincia del Paraguay, registrándose un florecimiento general en el accionar docente de la Compañía. Lo que más atraía de la Provincia del Paraguay era el Colegio de Córdoba, al cual acudían estudiantes desde zonas muy lejanas, atraídos por la fama de su Universidad.

A mediados del siglo xviii, la Compañía de Jesús se encontraba en la cumbre de su esplendor. Nacida en pleno siglo xvi, había sido una protagonista fundamental en los procesos políticos, religiosos e intelectuales en los que intervino la Iglesia Católica, y como tal, su defensora principal frente al Cisma Protestante. Sin embargo, ese momento sería también el comienzo de grandes conflictos con los hombres del Despotismo Ilustrado, que finalizarían en la expulsión.