La historia de la fundación de la Universidad se remonta, como ya dijimos, a la creación del Instituto Superior de Filosofía del Salvador el 8 de junio de 1944, ante la demanda de muchos profesionales que veían incompleta su formación humana e incluso científica, y deseaban tener, sobre todo, una visión crítica y cristiana de su responsabilidad como católicos en la sociedad. A su pedido, los profesores del Colegio Máximo de San Miguel organizaron una serie de cursos en orden a dictar la licenciatura, con un programa intenso que comprendía las disciplinas de la Filosofía, con exigencia de asistencia y tesis. Así, el Instituto abarcó las licenciaturas de Filosofía y Teología.

Más adelante, entre los años 1955 y 1957, se forman los Institutos de Filosofía, de Psicología y de Ciencias Políticas, a los que se agregaron, ya como Facultades, Historia y Letras, Ciencias Jurídicas y Medicina.

De esta manera, el 2 de mayo de 1956, se labró el Acta de Fundación y se nombró Vicedirector de las Facultades Universitarias del Salvador al R. P. Dr. Ismael Quiles, S. J. A ello, siguió el reconocimiento, por parte del Estado, de las universidades privadas en 1958, y el reconocimiento oficial de la Universidad del Salvador, el 8 de mayo del mismo año, durante la gestión del P. José A. Sojo. Este fue sucedido en su organización (y también como rector del Colegio del Salvador) por el P. Eduardo Troncoso S. J. El 15 de mayo de ese año se reunió, por primera vez, el Consejo Superior. La nómina de consejeros estaba formada por los decanos y un delegado de cada instituto, a saber: los decanos R. P. Quiles, R. P. Rodríguez Leonardi S. J., R. P. Gómez Ferreyra S. J. y el Dr. Benvenuto; los delegados Pbro. Biturro, Dr. Zuretti, Dr. Alcorta, Dr. Vasena y Dr. Berenguer Carisomo.