El 15 de mayo de 1958, con la presidencia del Padre Eduardo Troncoso, se reunió por primera vez el Consejo Superior de los Institutos Universitarios del Salvador, el actual COSUP, al que asistieron decanos, vicedecanos, delegados y profesores destacados. En esa primera sesión, se evaluó la solicitud del Episcopado que pedía “para no entorpecer la marcha de la Universidad Católica, fundada el 7 de marzo de 1958, se propusiera que, por algunos años, las Facultades del Salvador se siguieran denominando Institutos”. La moción fue aceptada, pero el Padre Quiles, gran estratega, solicitó que se incluyera en la aceptación del cambio, para conservar la jerarquía, el siguiente texto: “sin perder por ello el derecho adquirido de usar el nombre primitivo, cuando las circunstancias lo aconsejaran”.

En la siguiente sesión, del 19 de septiembre de 1958, el Consejo estudió y expuso lo que entendía que debía ser la finalidad esencial y específica de la USAL y que se hallaba presente en las finalidades esenciales y específicas de su Estatuto Académico:

La formación integral —científica, humanística y artística— de sus estudiantes, en todas las carreras o especialidades, en orden a la promoción de profesionales, docentes e investigadores.

Esta finalidad implicaba:

● La investigación científica, capaz de demostrar la síntesis armónica de la ciencia y de la fe.

● Toda docencia superior, encaminada a la visión cristiana de los distintos problemas humanos

● La formación integral de investigadores, docentes y profesionales.

Esta formación integral que la Universidad del Salvador se propuso suponía necesariamente la formación como persona, como profesional y como argentino.

Un dato relevante: en la primera sesión del año 1959, se hizo público el nombramiento por parte del General de la Compañía de Jesús, el Padre Janssens, del Padre Ernesto Dann Obregón como rector académico. En esa misma sesión, gracias a la previsión del Padre Quiles, el Consejo le solicitó la definitiva adopción de la palabra Facultad, en vez de Instituto, y que el conjunto de ellos pudiera ser denominado “Universidad del Salvador”.

En las reuniones del COSUP se trataban todos los temas dominantes que, para una institución educativa, eran motivo de preocupación. Cabe recordar, por ejemplo, la preocupación por la investigación. En la reunión del inicio del ciclo lectivo de 1962, se creó un cargo de “prefecto de Estudios” (los tutores de hoy), cuya función era la de “vigilar” que los profesores cumplieran con el plan de estudios y que los alumnos investigaran, figura que sugiere en la actualidad la CONEAU para un mejor acompañamiento del estudiante. Se decía que los alumnos se dejaban llevar por los profesores, pero si estos no se ocupaban como debía hacerlo un docente, el aprendizaje era casi nulo.

Finalizado ese año, también se celebra la creación de nuevos Institutos de Investigación, dependientes de las correspondientes Facultades: el de Filología y Lingüística, añadido al importante de Arqueología, en Historia y Letras; los de Derecho Civil y Penal en Ciencias Jurídicas, o el de Sociología en el Instituto de Ciencia Política.